Поскольку названный указ Президента Республики Казахстан содержал запрет на выполнение фондовой биржей функций товарной биржи, по требованию лицензиара биржа была переименована и из ее названия была исключена валютная составляющая. 12 апреля 1996 года биржа была перерегистрирована под наименованием "Казахстанская фондовая биржа", а 13 ноября этого же года получила неограниченную лицензию Национальной комиссии Республики Казахстан по ценным бумагам на организацию торгов ценными бумагами.

Параллельно усилиям, которые предпринимались в направлении развития организованного рынка ценных бумаг, биржей проводилась работы по развитию срочного рынка. В начале 1996 года была проведена работа по созданию нормативной базы, регулирующей биржевой рынок срочных контрактов, и в мае этого года состоялось открытие рынка валютных фьючерсов. К сожалению, первая попытка открытия данного рынка оказалась в то время нежизнеспособной, и торги срочными контрактами были остановлены в феврале 1998 года. И только в марте 1999 года удалось восстановить данный сектор рынка.

Так как новый закон Республики Казахстан "О рынке ценных бумаг" от 05 марта 1997 года ограничивал деятельность фондовой биржи только ценными бумагами, общее собрание акционеров биржи в апреле 1997 года приняло решение о ее реорганизации путем выделения в отдельное юридическое лицо ЗАО "Алматинская биржа финансовых инструментов" (AFINEX), которое было зарегистрировано 30 июля 1997 года. С 01 сентября этого года на торговую площадку AFINEX были переведены торги иностранными валютами и срочными контрактами. Сама Казахстанская фондовая биржа прошла перерегистрацию 03 июля 1997 года под своим прежним наименованием и 19 сентября этого года провела первые торги негосударственными эмиссионными ценными бумагами.

1998 год был отмечен восстановлением биржевого рынка государственных ценных бумаг, произошедшим за счет появления новой группы профессиональных участников рынка ценных бумаг - компаний по управлению пенсионными активами, которые в силу требований законодательства обязаны оперировать только на организованном фондовом рынке. В этом же году при помощи Национальной комиссии Республики Казахстан по ценным бумагам в Казахстане был сформирован организованный вторичный рынок суверенных еврооблигаций Республики Казахстан. Первые торги этими еврооблигациями состоялись на бирже 19 октября 1998 года. С 15 июля этого же года биржей была запущена в эксплуатацию котировочная торговая система, что, по сути, разрешило проблему создания в Казахстане внебиржевой котировочной организации.

С 1999 года началось развитие биржевого рынка корпоративных облигаций, первые из которых были включены в официальный список биржи 01 февраля этого года. 1999 год отмечен также запуском с 05 июля биржевого сектора операций репо по государственным ценным бумагам и проведением 07 июля первого аукциона по размещению муниципальных облигаций.

Со вступлением в силу закона Республики Казахстан "О внесении изменений и дополнений в некоторые законодательные акты Республики Казахстан по вопросам акционерных обществ" от 10 июля 1998 года был устранен запрет на организацию фондовой биржей торгов иностранными валютами и другими, помимо ценных бумаг, финансовыми инструментами, что дало возможность присоединить AFINEX к Казахстанской фондовой бирже. Решение об этом было принято общим собранием акционеров 06 января 1999 года, а 16 марта этого года была произведена соответствующая государственная перерегистрация воссоединенной биржи.

Сегодня биржа представляет собой универсальный финансовый рынок, который условно можно разделить на четыре основных сектора: рынок иностранных валют, рынок государственных ценных бумаг, в том числе международных ценных бумаг Республики Казахстан, рынок акций и корпоративных облигаций, рынок деривативов.